14 Samtools和BWA call SNP 01

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snp分析序列比对高通量数据处理bwa索引构建数据转换命令行工具格式转换数据模拟
本文主要探讨使用SAMtools处理高通量测序数据的方法,包括如何安装软件、计算SNP和转换文件格式。文中涉及构建索引、编辑修复、去除重复、合并排序和质量计算等多个数据处理步骤。还有针对新软件的使用介绍,如何在命令行界面查看基因组数据,以及使用模拟工具生成测序文件。此外,提及了如何通过脚本计算染色体长度和进行序列比对。内容适合基因组研究人员、生物信息学家和高通量数据分析师等专业人士学习和参考。
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陈同 生信宝典
2009 年本科毕业于东北林业大学,2015 年硕博毕业于中国科学院遗传与发育生物学研究所,研究方向涉及高通量数据分析、生物信息工具开发、合成生物学、表观组学等,在Cell Stem Cell (封面文章),Nucleic Acids Research,Nature communications, Protein & Cell, iMeta等高水平杂志以第一或通讯作者发表文章十余篇,累积引用 3000 +次;开发在线绘图和分析平台 ImageGP、BIC、EVenn、植物整合基因组平台IMP (获中华中医药学会 2023 年年度十大学术进展之一),使用超 70 万人次;运营有十四万人关注的微信公众号《生信宝典》,分享有1400 多篇生物信息分析原创文章、教程和视频,阅读播放千万次。联合创办iMeta期刊,现为执行主编,致力于打造微生物和生物信息领域的国产高水平综合性杂志。
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