14 Samtools和BWA call SNP02

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基因组分析序列比对sam 文件bam 文件索引构建数据筛选变异检测sam to bam 转换vcf 格式
本视频提供了一个基因组分析的案例,解释了如何使用 Samtools 处理 SAM 文件、执行数据筛选和转换文件格式。演示中展示了如何从指定位置提取序列,并使用比对工具执行精确匹配。此外,介绍了通过命令行参数筛选特定序列、将 SAM 文件转换为更加紧凑的 BAM 格式,并在转换后进行排序和索引构建。视频还涵盖了如何使用浏览器查看比对结果以及如何进行变异检测和统计,最后说明了如何将结果保存为 VCF 格式。这个内容主要适合生物信息学者、基因组学研究人员、生物数据分析师、分子生物学者、以及对基因组比对和变异分析工具使用感兴趣的技术人员。
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陈同 生信宝典
2009 年本科毕业于东北林业大学,2015 年硕博毕业于中国科学院遗传与发育生物学研究所,研究方向涉及高通量数据分析、生物信息工具开发、合成生物学、表观组学等,在Cell Stem Cell (封面文章),Nucleic Acids Research,Nature communications, Protein & Cell, iMeta等高水平杂志以第一或通讯作者发表文章十余篇,累积引用 3000 +次;开发在线绘图和分析平台 ImageGP、BIC、EVenn、植物整合基因组平台IMP (获中华中医药学会 2023 年年度十大学术进展之一),使用超 70 万人次;运营有十四万人关注的微信公众号《生信宝典》,分享有1400 多篇生物信息分析原创文章、教程和视频,阅读播放千万次。联合创办iMeta期刊,现为执行主编,致力于打造微生物和生物信息领域的国产高水平综合性杂志。
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