12 生信实战-GTF文件处理实战02

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染色体数据处理记忆匹配文本替换awk工具基因统计外显子总长度计算文件排序正则表达式数据累加数据去重
视频中探讨了使用命令行工具对遗传数据文件进行处理,包括匹配染色体信息、替换文本、统计基因和计算外显子的总长度等操作。展示了通过AWK和正则表达式如何高效地处理大型遗传数据文件,介绍了利用记忆匹配对数据列进行互换,以及通过数组进行快速统计而无需排序。另外,讨论了如何处理外显子重叠的问题,并指出了不同命令的性能差异。视频适合需要进行生物信息数据处理、对遗传数据分析感兴趣、或希望提高文本处理效率的技术人员。
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陈同 生信宝典
2009 年本科毕业于东北林业大学,2015 年硕博毕业于中国科学院遗传与发育生物学研究所,研究方向涉及高通量数据分析、生物信息工具开发、合成生物学、表观组学等,在Cell Stem Cell (封面文章),Nucleic Acids Research,Nature communications, Protein & Cell, iMeta等高水平杂志以第一或通讯作者发表文章十余篇,累积引用 3000 +次;开发在线绘图和分析平台 ImageGP、BIC、EVenn、植物整合基因组平台IMP (获中华中医药学会 2023 年年度十大学术进展之一),使用超 70 万人次;运营有十四万人关注的微信公众号《生信宝典》,分享有1400 多篇生物信息分析原创文章、教程和视频,阅读播放千万次。联合创办iMeta期刊,现为执行主编,致力于打造微生物和生物信息领域的国产高水平综合性杂志。
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