4 Linux下文件内容操作(grep,awk,cut,sed等)02

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学习Linuxawksedgreplinux命令行文本处理文件搜索正则表达式数据传输文件格式转换sftp基因序列数据处理
本视频提供了一系列Linux环境下的文本处理和文件操作的实用技巹,专注于文件内特殊字符的识别和处理、文件间的数据传输、以及基因序列数据的提取。视频中介绍如何使用如cat、grep、awk等命令来识别不可见字符、利用正则表达式进行搜索、将文件结果输出到指定文件中,并用于处理基因序列数据的特定问题。还介绍了如何通过SFTP和scp命令在不同系统间传输文件,并提供了一些文本处理时可能遇到的问题的解决方案。针对性地说明了如何通过不同的参数优化grep命令来提取特定数据行及其对应的序列数据,最后还展示了AWK的强大功能,在处理格式化文本方面的高效应用。这些技能非常适用于系统管理员、数据科学家、生物信息分析师等需求处理大量文本数据的人群。
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陈同 生信宝典
2009 年本科毕业于东北林业大学,2015 年硕博毕业于中国科学院遗传与发育生物学研究所,研究方向涉及高通量数据分析、生物信息工具开发、合成生物学、表观组学等,在Cell Stem Cell (封面文章),Nucleic Acids Research,Nature communications, Protein & Cell, iMeta等高水平杂志以第一或通讯作者发表文章十余篇,累积引用 3000 +次;开发在线绘图和分析平台 ImageGP、BIC、EVenn、植物整合基因组平台IMP (获中华中医药学会 2023 年年度十大学术进展之一),使用超 70 万人次;运营有十四万人关注的微信公众号《生信宝典》,分享有1400 多篇生物信息分析原创文章、教程和视频,阅读播放千万次。联合创办iMeta期刊,现为执行主编,致力于打造微生物和生物信息领域的国产高水平综合性杂志。
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